Funkcjonariusze wspólnie z żołnierzami dokonują kontroli znaków granicznych, tablic informacyjnych oraz widoczności przebiegu linii granicy państwowej ze Słowacją. Wspólne służby realizowane są na administrowanym przez zakopiańską jednostkę ponad 200 km odcinku granicy państwowej, przebiegającą m.in. przez Tatry, Pieniny, Beskid Sądecki i Żywiecki, a także wiele rzek granicznych oraz Jezioro Orawskie.
Wspólne służby z żołnierzami WOT, są potwierdzeniem wzorowej współpracy pomiędzy funkcjonariuszami Karpackiego Oddziału Straży Granicznej, a żołnierzami Wojska Polskiego.